該項目已列入財政國庫集中支付范圍，資金由財政部直接撥付項目單位。各項目單位要設置“農業投入品質量安全監管項目資金”明細賬(財務核算實行統一管理而不單獨建賬核算的單位，應建立輔助備查賬)，嚴格按照項目實施方案及有關財務制度執行，專款專用，合理列支相關費用，項目實施中如有變更事項，應按照申報程序及時履行調整報批手續。主管部門要做好組織實施和監督檢查工作，并于2012年12月31日前將項目執行情況、資金使用情況(分別按項目內容和經濟分類進行分析)報送農業部財務司和農產品質量安全監管局。